如果操作设计未能通过测试，双方已经进行了改进、调整和整理。虽然符合要求，但往往消耗大量财力、物力，延误工期，减慢GMP认证进程。有些原因和缺陷在测试前是可以完全避免的。在检查工作中发现，洁净度等级不合格的重要原因有：

1、建设工程不科学

这种情况比较少见，主要是在对洁净等级没有要求的小型洁净室的建设和开发中。如今保洁领域的市场竞争非常激烈，为了获得新的项目，一些建筑公司在招标中报价较低。施工后期，部分单位对其不太熟悉，冒充质量好，使用小功率空调对空压机组进行通风，造成排风功率与清扫面积、清扫效果不符。清洁度不能令人满意。另一个主要原因是设计和施工开始后，业主增加了新的要求和清洁区域，导致原来的设计无法满足要求。这种固有的缺陷很难改善，必须在建设项目的设计过程中避免。

2、用劣质产品代替商品。

手术室设计装修时，采用高效送风，国家规定纯度等级10万级以上的气体净化方案采用一级、二级、高效送风三级过滤。审核过程中发现，某大型净化工程千级净化级别采用低效空气过滤器替代高效空气过滤器，GMP净化车间洁净度不合格。只有可互换的高效过滤装置才能满足GMP认证的需要。

3、通风管道或通风设计调整不良。

由于运行设计原因、空间限制以及回风口数量不足，可能无法采用“顶侧回风”。明确设计原因后，回风口的调整也是重要项目之一。如果调节不顺畅，则回风口摩擦阻力过大，回风量低于排风量，GMP洁净室的洁净度也不合格。另外，施工过程中，回风口与地面的相对高度也会影响洁净度。